Nguyên nhân phổ biến hàng đầu dẫn đến thiếu magiê là do chế độ ăn uống không cân bằng. Việc tiêu thụ nhiều thực phẩm chế biến sẵn, ngũ cốc tinh chế, đồ ngọt và nước ngọt có gas thường nghèo nàn magiê. Ngay cả khi ăn rau xanh, phương pháp nấu ăn không đúng như luộc rau quá kỹ cũng có thể làm mất đi lượng magiê đáng kể trong thực phẩm. Đất canh tác nghèo dinh dưỡng cũng dẫn đến nông sản có hàm lượng khoáng chất thấp hơn trước đây.
Một số thói quen sinh hoạt và tình trạng sức khỏe cũng làm tăng nguy cơ thiếu hụt. Uống nhiều rượu bia, cà phê và nước ngọt có thể đẩy nhanh quá trình đào thải magiê qua đường nước tiểu. Tình trạng căng thẳng mãn tính kích hoạt giải phóng hormone cortisol, cũng làm giảm nồng độ magiê trong cơ thể. Ngoài ra, những người mắc các bệnh lý về đường tiêu hóa như bệnh Crohn, viêm loét đại tràng hoặc người đã phẫu thuật cắt đoạn ruột thường có khả năng hấp thu magiê kém.
Nhóm đối tượng đặc biệt cần chú ý bổ sung magiê bao gồm người cao tuổi, do khả năng hấp thu giảm và thường ăn uống kém đa dạng. Vận động viên hoặc người lao động nặng đổ nhiều mồ hôi cũng mất đi một lượng magiê đáng kể. Phụ nữ mang thai và cho con bú có nhu cầu magiê tăng cao để hỗ trợ sự phát triển của thai nhi và sản xuất sữa mẹ.
Những người mắc bệnh tiểu đường type 2 cũng có nguy cơ cao do magiê thường bị đào thải nhiều qua nước tiểu. Người đang dùng một số loại thuốc lâu dài như thuốc lợi tiểu, thuốc ức chế bơm proton cho dạ dày cũng có thể bị ảnh hưởng đến sự cân bằng magiê. Nhận biết được bản thân có thuộc nhóm nguy cơ nào hay không là bước đầu tiên để chủ động phòng ngừa tình trạng thiếu hụt khoáng chất quan trọng này.